unisolate · March 28, 2016 11:14
diff --git a/2bit.sh b/2bit.sh
 # hg19.fa 是指 hg19的fasta文件。
 # 它是很重要的参考文件，像bedtools，bowtie，bwa等，都需要它。

 # 一般来说，使用的都是UCSC的hg19文件作为权威的。地址是：
 # http://hgdownload.cse.ucsc.edu/downloads.html#human

 # 然后下载
 # http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/
 # 中的 hg19.2bit

 # 要注意的是，下载之后，获得的还不是fasta文件，需要一个程序(twoBitToFa )转化。
 # 这个程序仅在linux中可运行。下载地址：
 # http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/

 # 之后进入twoBitToFa所在文件夹，运行如下命令：
 twoBitToFa input.2bit output.fa   
 # 即 
 twoBitToFa hg19.2bit hg19.fa

 # 就得到了hg19的fasta文件。

 # 另外附上TwoBitToFa的其他参数：
 # options:
 # -seq=name - restrict this to just one sequence
 # - - start at given position in sequence (zero-based)
 # -end=X - end at given position in sequence (non-inclusive)
 # -seqList=file - file containing list of the desired sequence names 
 # in the format seqSpec[:start-end], e.g. chr1 or chr1:0-189
 # where coordinates are half-open zero-based, i.e. [start,end)
 # -noMask - convert sequence to all upper case
 # -bpt=index.bpt - use bpt index instead of built in one
 # -bed=input.bed - grab sequences specified by input.bed. Will exclude introns

 # 最后再送上染色体的大小文件地址，也来自于UCSC.
 # http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/hg19.chrom.sizes
	# hg19.fa 是指 hg19的fasta文件。
	# 它是很重要的参考文件，像bedtools，bowtie，bwa等，都需要它。

	# 一般来说，使用的都是UCSC的hg19文件作为权威的。地址是：
	# http://hgdownload.cse.ucsc.edu/downloads.html#human

	# 然后下载
	# http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/
	# 中的 hg19.2bit

	# 要注意的是，下载之后，获得的还不是fasta文件，需要一个程序(twoBitToFa )转化。
	# 这个程序仅在linux中可运行。下载地址：
	# http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/

	# 之后进入twoBitToFa所在文件夹，运行如下命令：
	twoBitToFa input.2bit output.fa
	# 即
	twoBitToFa hg19.2bit hg19.fa

	# 就得到了hg19的fasta文件。

	# 另外附上TwoBitToFa的其他参数：
	# options:
	# -seq=name - restrict this to just one sequence
	# - - start at given position in sequence (zero-based)
	# -end=X - end at given position in sequence (non-inclusive)
	# -seqList=file - file containing list of the desired sequence names
	# in the format seqSpec[:start-end], e.g. chr1 or chr1:0-189
	# where coordinates are half-open zero-based, i.e. [start,end)
	# -noMask - convert sequence to all upper case
	# -bpt=index.bpt - use bpt index instead of built in one
	# -bed=input.bed - grab sequences specified by input.bed. Will exclude introns

	# 最后再送上染色体的大小文件地址，也来自于UCSC.
	# http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/hg19.chrom.sizes
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