Убеждаемся, что на вашем VPS установлкен Docker, если нет - устанавливаем по инструкциям из интернетов.
Сервер NaiveProxy базируется за образе https://hub.docker.com/r/pocat/naiveproxy
Качаем образ командой: docker pull pocat/naiveproxy
Где-нибудь в удобном месте, например в домашней директории создаем docker-compose.yaml файл с таким содержимым: