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August 15, 2012 15:41
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This file contains hidden or bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters. Learn more about bidirectional Unicode charactersOriginal file line number Diff line number Diff line change @@ -0,0 +1,415 @@ ### R code from vignette source 'Presentation.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: init ################################################### options(width=60) ################################################### ### code chunk number 2: Introduction ################################################### 3 + 3 # This is a comment x <- 3 ; y = 3 x <- y <- 6 x^2 # square x = c(1, 2, 3, 4) ; x = 1:4 x x+10 # R is vectorized x[4] # Accessing the fourth element ################################################### ### code chunk number 3: Introduction 2 ################################################### x>2 x[x>2] x[1:3] is.na(x) cumsum(x) summary(x) ################################################### ### code chunk number 4: introPass ################################################### x <- 1:10 x x * 2 x y <- x x * 2 y ################################################### ### code chunk number 5: math ################################################### mean(x) median(x) sd(x) sum(x) sqrt(x) ################################################### ### code chunk number 6: math2 ################################################### summary(x) ################################################### ### code chunk number 7: help (eval = FALSE) ################################################### help.start() ################################################### ### code chunk number 8: help (eval = FALSE) ################################################### ?plot ################################################### ### code chunk number 9: packages (eval = FALSE) ################################################### install.packages('ggplot2') ################################################### ### code chunk number 10: bioc (eval = FALSE) ################################################### source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite() biocLite("ArrayExpress") ################################################### ### code chunk number 11: bioc2 (eval = FALSE) ################################################### # R update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE) # bioconductor biocLite(character(), ask=FALSE) ################################################### ### code chunk number 12: vector ################################################### # Vector of strings x <- c("Lincoln", "Roosevelt", "Jackson") ## Replace the second element of the vector x[2] <- NA x x[!is.na(x)] ################################################### ### code chunk number 13: vector ################################################### ## character vectors x <- c("Lincoln", "Roosevelt", "Jackson"); class(x) x <- c(1.2, 1.5); class(x) x <- 1:4; class(x) x <- x>2; class(x) ################################################### ### code chunk number 14: matrix ################################################### matrix(1:10, ncol=2) ################################################### ### code chunk number 15: matrix2 ################################################### matrix(1:10, nrow=2, byrow=TRUE) ################################################### ### code chunk number 16: data.frame ################################################### df <- data.frame( patientID = c("001", "002", "003"), treatment = c("drug", "placebo", "drug"), age = c(20, 30, 24) ) df subset(df, treatment=="drug") ################################################### ### code chunk number 17: list ################################################### my.list <- list( fruits = c("oranges", "bananas", "apples"), mat = matrix(1:10, nrow=2) ) my.list ################################################### ### code chunk number 18: read.table ################################################### URL <- "http://www.stanford.edu/~druau/pivot_table.csv" pivot <- read.table(URL, sep=',', header=TRUE) head(pivot) class(pivot) ################################################### ### code chunk number 19: foreign (eval = FALSE) ################################################### help(package="foreign") ################################################### ### code chunk number 20: xlsx (eval = FALSE) ################################################### ?read.xlsx ################################################### ### code chunk number 21: html (eval = FALSE) ################################################### eq <- readHTMLTable("http://www.iris.edu/seismon/last30.html") ################################################### ### code chunk number 22: import1 ################################################### URL <- "http://www.stanford.edu/~druau/pivot_table.csv" pivot <- read.table(URL, sep=',', header=TRUE) pivot$value <- round(pivot$value, digits=3) head(pivot, 3) tail(pivot, 3) ################################################### ### code chunk number 23: format ################################################### library(reshape) head((pivot <- cast(pivot, gene ~ condition)), 2) ################################################### ### code chunk number 24: format ################################################### head(subset(pivot, cheetos>=0.2), 2) ################################################### ### code chunk number 25: format5 ################################################### library(sqldf) head(sqldf('SELECT * FROM pivot WHERE cheetos >= 0.2'), 2) ################################################### ### code chunk number 26: format6 ################################################### library(doBy) summaryBy(Sepal.Width + Petal.Width ~ Species, data=iris, FUN=c(mean)) ################################################### ### code chunk number 27: database (eval = FALSE) ################################################### require("RMySQL") con <- dbConnect(MySQL(), user="david", password="will_not_tell_you", dbname="db_name", host="mysql_server.stanford.edu") results <- dbGetQuery(con, "SELECT * FROM pat_table LIMIT 5") ################################################### ### code chunk number 28: export (eval = FALSE) ################################################### save(list=c(pivot, mat), file="data_exoprt.Rda") ################################################### ### code chunk number 29: export1 (eval = FALSE) ################################################### load("data_export.Rda") ################################################### ### code chunk number 30: export1 (eval = FALSE) ################################################### write.table(mat, file='matrix.csv', sep=',') ################################################### ### code chunk number 31: export1 (eval = FALSE) ################################################### library(foreign) ?write.arff ?write.dta library(SASxport) ?write.xport ################################################### ### code chunk number 32: microarray (eval = FALSE) ################################################### library(affy); library(GEOquery); library(mouse4302cdf) getGEOSuppFiles("GSE12499") ################################################### ### code chunk number 33: microarray2 (eval = FALSE) ################################################### system('tar -xf GSE12499/GSE12499_RAW.tar -C GSE12499/') system('rm GSE12499/*.CHP*; rm GSE12499/*.tar') ################################################### ### code chunk number 34: microarray3 (eval = FALSE) ################################################### da <- ReadAffy(celfile.path="./GSE12499/", compress=TRUE) ################################################### ### code chunk number 35: microarray3 ################################################### da ################################################### ### code chunk number 36: ArrayExpress1 (eval = FALSE) ################################################### pneumoHS = queryAE(keywords = "pneumonia", species = "homo+sapiens") ################################################### ### code chunk number 37: ArrayExpress2 ################################################### pneumoHS[1:3, 1:3] ################################################### ### code chunk number 38: ArrayExpress3 (eval = FALSE) ################################################### EGEOD1724 <- getAE("E-GEOD-1724", type='processed') cnames = getcolproc(EGEOD1724) # annotation EGEOD1724.da <- procset(EGEOD1724, cnames[2]) # build expression set ################################################### ### code chunk number 39: ArrayExpress4 ################################################### EGEOD1724.da ################################################### ### code chunk number 40: IF example ################################################### i <- 1 if(i == 1){ print("i is equal 1") } else{ print("i is NOT equal to 1") } ################################################### ### code chunk number 41: ifelse ################################################### ifelse(i == 1, "i is equal 1", "i is NOT equal to 1") ################################################### ### code chunk number 42: FOR example ################################################### for(i in 1:5){ # do something print(i) } ################################################### ### code chunk number 43: apply ################################################### mat <- matrix(1:10, nrow=2, byrow=T) mat # SUMMING THE COLUMNS apply(mat, 2, sum) # SUMMING THE ROWS apply(mat, 1, sum) rowSums(mat) # the same ################################################### ### code chunk number 44: foreach example ################################################### library(foreach) library(doMC) library(multicore) ncore = multicore:::detectCores() registerDoMC(cores = ncore) results <- foreach(i = 1:5, .combine=c) %dopar% { i+i } results ################################################### ### code chunk number 45: apply2 ################################################### library(multicore) library(rbenchmark) n <- rep(100, 100) benchmark( x <- mclapply(n, rnorm, mc.cores=ncore), x <- lapply(n, rnorm), columns = c("test", "replications", "elapsed", "relative"), order = "relative", replications = 20 ) ################################################### ### code chunk number 46: simple function ################################################### Mr.Euclide <- function(x, y){ dist <- sqrt(sum((x - y)^2)) return(dist) } ################################################### ### code chunk number 47: Euclide distance ################################################### x <- c(1, 1) y <- c(2, 2) Mr.Euclide(x, y) ################################################### ### code chunk number 48: OOeuclide ################################################### setClass("myObject", representation(vec = "numeric"), prototype = prototype(vec = 0)) (vectorA <- new("amia", vec=c(1, 1, 1))) ################################################### ### code chunk number 49: OOeuclide1 ################################################### Mr.Euclide <- function(x, y){ if(class(x)!="myObject" & class(y)!="myObject") stop("error") dist <- sqrt(sum((x@vec - y@vec)^2)) return(dist) } ################################################### ### code chunk number 50: OOeuclide2 ################################################### vectorB <- new("myObject", vec=c(2, 2, 2)) Mr.Euclide(vectorA, vectorB) library(bioDist) euc(matrix(c(vectorA@vec, vectorB@vec), nrow=2, byrow=T))